在全國推行了十幾年的排污許可，與中央全面深化改革要求“完善污染物排放許可制，實行企事業單位污染物排放總量控制制度”還有較大差距。比如，制度定位不清，未確立排污許可制度的核心基礎地位;配套法律不健全，排污許可條例尚未出臺;缺乏頂層設計，各地實施的排污許可不盡相同，相互間的工作經驗可借鑒性較差;能力不配套，一些地方發放排污許可證多是形式性審查，質量無法保證。要推進我國排污許可制度改革，以下幾點必不可少：
1、改革制度并行模式，統一到許可“一證式”管理上來。
將環評審批與核發排污許可證結合起來，基于改善環境質量和保證環境安全為前提，通過規劃或政策環評確定控制單元的污染物排放總量指標和排放標準。在此基礎上，將項目環評審批調整為核發許可證，項目環評及“三同時”由業主自行負責，納入證后監管即可。將污染控制轉移到證后監管上來，通過排污單位依法自主報告許可執行情況、獲取的在線數據和監測及執法機構等反饋的信息，綜合評價許可執行情況，核定排污量，并與審批、監測、執法等環節動態交換信息，形成閉環管理。
2、改變管理被動方式，確保有效監控污染物排放行為。
將廢氣、廢水管道建設規劃及建設情況作為許可審核重要內容，督促排污單位設置明管;不能設明管的，在封閉前須經許可部門驗收并備案管道走向圖，確保排放行為始終處于監控之中，防止偷排、漏排。督促排污單位按照便于采集樣品、便于計量監測、便于日常監督檢查、便于接受公眾監督的原則設置規范化排污口，確保廢氣、廢水通過規范化排污口排放，滿足監測監控要求。向現有排污單位核發排污許可證，應將排污口規范化整治作為前置條件。設置排放監測標準管段。
3、轉變總量控制理念，以改善控制單元環境質量為目標。
改變以行政轄區為單元下達計劃總量控制目標任務的做法，分別將自然通風廊道的上下風向區域和匯水區的上下游流域作為相應污染物排放總量控制單元。單元內排污總量控制以改善環境質量為目標，并根據氣象因素和水文條件等科學測算允許排污總量，即實行環境容量總量控制法，更好協調保護與發展的關系。
4、改進經濟調控手段，調整排污費為排污權使用費或稅。
排污單位的排污權需通過市場交易獲得。對排污單位征收排污費調整為征收排污權使用費或稅。從嚴查處偷排、漏排、故意超證排污和弄虛作假等行為，防止排污單位因不愿多購排污權而出現超證排放的情況。鼓勵排污單位通過技術創新和強化管理等措施減少污染物排放。排污單位實際排放量低于排放權的，根據其節余的指標量，由財政按征收的排污權使用費或稅一定比例給予獎勵，調動其治污積極性。
5、遵循客觀公正原則，建立公開的排污許可信息系統。
運用許可、監測、執行申報和執法等獲取的數據建立排污許可信息系統。建立基于排污許可信息系統的排污權交易信息平臺。允許總量控制單元內的排污單位相互開展排污權交易，交易信息在平臺上及時動態反映，增強排污權交易的客觀性、真實性和形象性。開發網絡版的排污許可信息系統(含排污權交易信息平臺)，接受公眾實時查詢。
6、健全許可法規體系，建立成熟定型的污染源管理制度。
強化排污許可的頂層設計，組織在全國統一實施排污許可制度，盡快出臺排污許可條例，并推進制訂排污許可法，使之成為成熟定型的管理制度。
     在實施“一帶一路”戰略中大量產業走出去的同時，我國急需建立并輸出更加成熟定型的排污許可制度。建立排污許可制度不僅是實現面向環境質量的環境管理轉型、建立規范嚴格的企業環境執法體系的基礎和關鍵，也是現實的需要。將排污單位的環評、監測、執法等全生命周期環境數據統一到排污許可平臺是建設環保大數據的根本方法，是實現全過程痕跡化管理，讓信息多跑路，讓管理人員少跑路，提高效率的重要舉措。