當基因zhiliao產品在生殖qiguan持續存在時,需要進一步研究確定其在生殖細胞(例如卵母細胞、精子)的暴露水平。根據載體類型、復制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評估基因zhiliao產品生殖系整合風險。遺傳毒性,基因zhiliao產品將遺傳物質轉移到宿主細胞內或整合到宿主基因組中或對宿主基因組進行編輯,存在潛在的遺傳毒性風險。目前對于判斷細胞基因組插入/修飾是否會產生遺傳毒性、是否較終會發生變依然還缺乏系統的認知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質整合進基因組、對基因組編輯等)的特征,并評估相關潛在風險。選擇潛在的脫靶位點,例如選擇gRNA預測網站上Top 5潛在脫靶位點,進行Sanger測序單克隆;嘉興基因編輯技術脫靶檢測技術
Guide-seq原理圖,Discover-seq細胞內的脫靶切割一般無法直接捕獲,除了Guide-seq這種連接dsODN來間接記錄脫靶位點的方法外,研究者們還想出一種蛋白介導的方法Discover-seq。由于DNA雙鏈斷裂后細胞會啟動DNA修復機制,大量蛋白參與到斷裂處的修復,所以研究者就對相關蛋白進行篩選,找到其中MRE11結合DNA的位點與DNA雙鏈斷裂的相關性比較好。DISCOVER-seq便是通過MRE11的CHIP-seq(染色質免疫共沉淀)來反映CRISPR的脫靶位點。。。。深圳種子基因脫靶檢測安評如何檢測是否發生脫靶?
R-loop seq雖然不是一種真正意義上的脫靶位點檢測方法,但能為堿基編輯脫氨酶的脫靶提供一種度量方法,以便于之后的脫氨酶點突變優化,來降低脫靶的發生幾率。2) Detect-seqCRISPR衍生技術由于其復雜性,檢測其脫靶位點的hexin思路是捕獲實驗過程中的關鍵中間產物或者終產物。這種設計思路下,目前較為成功的是檢測堿基編輯CBE脫靶位點的Detect-seq[13]。CBE的原理是將dC脫氨變為dU,迫使其對側的dG變為dA,較終將堿基對從C-G轉變為T-A。Detect-seq便是針對中間態的dU,使用Uracil DNA Glycosylase (UDG),去除U堿基后,替換為帶Biotin的U堿基,捕獲堿基編輯的脫靶位點,并且sgRNA依賴和sgRNA不依賴的脫靶位點都能找到。該方法類似檢測DNA甲基化的重亞硫酸鹽測序法,通過處理特定的堿基,可以捕獲全基因組上的CBE脫靶位點。
對于基因修飾細胞zhiliao產品,充分的非臨床研究是為了:(1)闡明基因修飾的目的、功能以及產品的作用機制,明確其在擬定患者人群中使用的生物學合理性;(2)為臨床試驗的給藥途徑、給藥程序、給藥劑量的選擇提供支持性依據;(3)根據潛在風險因素,闡明毒性反應特征,預測人體可能出現的不良反應,確定不良反應的臨床監測指標,為制定臨床風險控制措施提供參考依據。因此,應充分開展非臨床研究,收集用于風險獲益評估的信息,以確立擬開發產品在目標患者人群中預期具有合理的、可接受的獲益風險比,同時為臨床試驗的設計和風險控制策略的制定提供支持性依據。高深度全基因組重測序服務,該方法能多方位精細地對基因編輯的細胞或個體進行off-target檢測。
采用基因編輯技術制備的細胞產品。對于采用基因編輯技術制備的基因修飾細胞產品,應進行體外在靶和脫靶活性評估,以確認修飾酶或向導RNA對靶基因序列的特異性。在評估基因編輯的脫靶風險時,應說明所選擇的評價策略的合理性和敏感性。雖然采用計算機分析預測基因編輯的潛在脫靶位點,并對潛在脫靶位點進行深度測序分析,可用于評估基因編輯的脫靶風險;但選擇的評價策略仍應包含體外全基因組測序比對,以證明潛在脫靶位點未出現脫靶。此外,在評估脫靶活性時,還應評估種屬特異性的差異、細胞病理生理狀態的差異或細胞類型的差異對非臨床數據預測性的影響。必要時,還應分析基因編輯對細胞表型和生理功能的潛在影響。值得收藏的CRISPR脫靶檢測方法。北京crispr/cas9脫靶檢測安全性評價
基因編輯脫靶將無處隱藏。嘉興基因編輯技術脫靶檢測技術
CIRCLE-seq和CHANGE-seq與SITE-seq同期發表的CIRCLE-seq一定程度上解決了SITE-seq的一些問題。CIRCLE-seq的第一步是將純化后的基因組DNA隨機打斷成300bp左右的片段,然后首尾相連成環狀DNA,這種方法很好地避免了DNA隨機斷裂造成的背景噪聲。實驗的第二步是用Cas9切割環狀DNA,再連上接頭并進行雙端測序,這樣就可以在一次測序中同時獲取切割位點的兩側序列,彌補了SITE-seq的另一個缺點。CIRCLE-seq從總體上來說要優于SITE-seq,但是將基因組DNA隨機打斷后成環的效率并不高,所以同一作者在3年后發表了CHANGE-seq,用Tn5一步法打斷基因組并加接頭,提高了成環效率,降低了起始基因組DNA的用量。嘉興基因編輯技術脫靶檢測技術