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南通育種脫靶檢測實驗室

來源: 發布時間:2024-07-03

R-loop seq雖然不是一種真正意義上的脫靶位點檢測方法,但能為堿基編輯脫氨酶的脫靶提供一種度量方法,以便于之后的脫氨酶點突變優化,來降低脫靶的發生幾率。2) Detect-seqCRISPR衍生技術由于其復雜性,檢測其脫靶位點的hexin思路是捕獲實驗過程中的關鍵中間產物或者終產物。這種設計思路下,目前較為成功的是檢測堿基編輯CBE脫靶位點的Detect-seq[13]。CBE的原理是將dC脫氨變為dU,迫使其對側的dG變為dA,較終將堿基對從C-G轉變為T-A。Detect-seq便是針對中間態的dU,使用Uracil DNA Glycosylase (UDG),去除U堿基后,替換為帶Biotin的U堿基,捕獲堿基編輯的脫靶位點,并且sgRNA依賴和sgRNA不依賴的脫靶位點都能找到。該方法類似檢測DNA甲基化的重亞硫酸鹽測序法,通過處理特定的堿基,可以捕獲全基因組上的CBE脫靶位點。基因療法脫靶檢測,推薦唯可生物,實驗實力強,專業性高,檢測效率高,結果準確率高。南通育種脫靶檢測實驗室

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先導編輯器:CBE和ABE組合使用可以有效地進行4種堿基轉換(C→T, G→A, A→G, T→C),而無需產生DSB,然而除了這4種堿基轉換,對另外8種堿基轉換(C→A, C→G, G→C, G→T, A→C, A→T, T→A, T→G)以及堿基的插入和缺失,依然缺乏有效的研究工具。先導編輯器(Prime Editor, PE),PE在不依賴DSB和供體DNA的條件下便可有效實現所有12種堿基轉換,此外還能有效實現多堿基的精細插入(較多可插入44bp)和刪除(較多刪除80bp)。> 抗CRISPR蛋白。抗CRISPR(Acr)蛋白是天然的CRISPR/Cas系統抑制劑,由各種可移動遺傳元件(MGEs)編碼,在不同階段抑制CRISPR-Cas的免疫功能。已經發現了多達45個Acr蛋白,其中 "AcrIIA4 "有可能保護細胞免受編輯。Shin和他的同事發現,通過調整AcrIIA4或Cas9加入實驗的時間,AcrIIA4將脫靶修飾減少了4倍,而沒有減少靶向效應。武漢crispr脫靶檢測實驗室脫靶檢測實驗室,推薦唯可生物,實驗實力強,專業性高,檢測效率高,結果準確率高。

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堿基編輯器:CBE:胞嘧啶堿基編輯器(Cytosine base editor,CBE),依賴于胞嘧啶核苷脫氨基酶,通過將胞嘧啶核苷脫氨轉換為尿嘧啶核苷,尿嘧啶核苷在DNA復制和修復過程中會轉換為胸腺嘧啶核苷,從而實現C到T的轉換。已開發出四代CBE(BE1、BE2、BE3和BE4),由于BE3引起的脫靶效應相對較少,因此它已在動物(小鼠)、細菌和植物細胞中廣用于編輯細胞的基因組成。腺嘌呤堿基編輯器(Adenine base editor,ABE),依賴于腺嘌呤核苷脫氨基酶,通過將腺嘌呤核苷脫氨轉換為次黃苷,然后在DNA復制和修復過程中會轉換為鳥嘌呤核苷,從而實現腺嘌呤(A)到鳥嘌呤(G)的轉換。新開發的堿基編輯器ABE8e,比ABE7.10增加了590倍的靶向活性。

近幾年,細胞和基因zhiliao(cell & gene therapy,CGT)領域發展迅猛,在多個方向取得了重大突破,以anti-CD19和BCMA為代的多種CAR-T免疫細胞療法攻克了一部分血液瘤,多種AAV療法也給一些難以成藥的罕見病提供了有效的zhiliao方案。另一方面,基于CRISPR基因編輯技術的眾多基因療法也進展迅速,較早體外基因編輯療法較快今年年底能夠上市(CRISPR Therapeutics CTX001),體內基因編輯療法取得了不錯的臨床數據(Intellia Therapeutics NTLA-2001),使用CRISPR技術制造的通用型CAR-T療法也是免疫細胞療法發展的一大趨勢(Caribou Biosciences CB-010)。選擇潛在的脫靶位點,例如選擇gRNA預測網站上Top 5潛在脫靶位點,進行Sanger測序單克隆;

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    基因編輯脫靶檢測方法:ChIP-seq:利用缺乏DNA切割活性的dCas9結合DNA的特性,進行全基因組范圍的結合情況檢測,以評估潛在的脫靶位點。IDLVcapture:基于非同源末端連接(NHEJ)的DNA修復過程,通過轉染篩選基因的IDLV進行篩選,以確認脫靶位點。GUIDE-seq:利用雙鏈DNA斷裂(DSB)位點的非同源末端連接過程中可以連入雙鏈DNA的特性,通過引入短雙鏈寡核苷酸來標記CRISPR/Cas9切割的DSB,進而確定脫靶突變的位置。LAM-HTGTS:基于CRISPR/Cas9等造成的DSB可能導致染色質DNA的易位連接,通過檢查這些易位連接位點來識別潛在的脫靶位點。BLESS/BLISS/End-seq/DSBCapture等:這些方法通過直接在DSB位點連入接頭,捕獲DSB位點,結合高通量測序技術進行脫靶位點檢測。DISCOVER-seq:利用DNA修復因子(如MRE11)結合染色質免疫共沉淀和高通量測序的方法,捕獲CRISPR/Cas9造成的DSB位點,進而鑒定潛在的脫靶位點。 脫靶檢測技術是一系列針對CRISPR/Cas9系統作用機制研發的用于確定CRISPR/Cas9系統基因編輯準確性檢測工具。寧波crispr/cas9脫靶檢測技術

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    常用的脫靶檢測方法DISCOVER-Seq:使用混雜的gRNAs在小鼠體內比較測試,通過純化的DNA鑒定推測的脫靶位點,并使用擴增子NGS進行詳盡地驗證。VIVO:一種目前常用的檢測方法,使用純化的DNA鑒定出推測的脫靶位點。Detect-seq:一種針對堿基編輯器(CBE)的體外脫靶檢測技術,通過檢測dU(尿嘧啶)的轉變來評估脫靶效應。SAFETI:一種檢測堿基編輯器體內脫靶效應的新方法,通過轉基因小鼠系統性地評估基因編輯工具的安全性。全基因組測序(WGS):對編輯物種的全基因組進行測序,與參考基因組進行比對,較全檢測基因編輯導致的變異。 南通育種脫靶檢測實驗室

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